2020-ban a szeptember összességében az 1981-2010-es sokévi átlagnál melegebb és szárazabb időjárású volt. 1901 óta a 15. legmelegebb és 40. legszárazabb szeptember múlt el.
2020-ban a szeptember a szokásosnál szárazabban alakult, különösen a Kárpát-medence belső, alacsonyabban fekvő tájain. A legcsapadékosabb területek az országhatáraink közvetlen közelében voltak. A Mosoni-síkon, illetve az Alpokalján a Soproni-hegységben és a Vasi-hegyháton (Felsőszölnök 112 mm) 70 mm-t meghaladó havi csapadék volt, de a Felső-Tisza vidéken (pl. Vásárosnamény: 75,0 mm) és a Bodrogköz keleti tájain is hasonló mennyiség hullott. A legszárazabb tájakon a szeptemberi csapadékösszeg 20 mm alatt maradt, így Bács-Kiskun és Jász-Nagykun-Szolnok megyében. Kiskunhalas állomáson alig 10 mm csapadékot összegeztünk.
Szeptemberben a csapadékösszeg országos átlaga 35,4 mm volt, ami az 1981–2010-es átlag 65%-a. Ezzel a 40. legszárazabb szeptember múlt el 1901 óta. Leginkább a Duna-Tisza köze déli részén maradt el a hónap csapadékmennyisége a sokévi átlagtól, ahol az 1981-2010-es normálnak csupán 30%-a hullott le. Az országban átlagoshoz közeli csapadék a Kisalföldön és az északkeleti országrészben, a Bodrogközben és a Nyírségben volt. A szokásosnál akár 20-40%-kal több csapadék volt a Mosoni-síkon és északkeleten a Tisza közelében fekvő mérőállomásokon.
Szeptember első napjaiban a Tiszántúlon hullott jelentősebb csapadék, a Bereg- és a Szatmári-síkon 20 mm-t meghaladó napi csapadékösszegeket mértünk. A hónap első két dekádjában magas nyomású légköri rendszer jutott uralomra és maradt fent tartósan, így jellemzően száraz, csapadékmentes időjárás volt, és csak egy-egy nap alakultak ki helyi záporok, zivatarok. A hónap végén azonban egy nyugati irányból érkező hullámzó frontrendszer labilizálta a légkört, és országosan is jelentős mennyiségű csapadékot hozott. Szeptember 25-én a Dunántúl nyugati tájain és a Kisalföldön 50 mm-t meghaladó mennyiségű csapadék zúdult le rövid idő alatt. Ezt követően egy magassági hidegörvény hozott kisebb körzetekben csapadékot, majd szeptember 29-én egy hazánktól északkeletre kimélyülő ciklon miatt hullott főként a keleti országrészben számottevő csapadék.
Országos átlagban 6 csapadékos nap (≥1mm) volt szeptemberben, ami 2 nappal elmarad az 1981–2010-es átlagtól. Szeptemberben 20 mm-t meghaladó csapadékot 18 meteorológiai állomás jelentett, míg 50 mm-t meghaladó mennyiséget 4 állomáson mértünk. Összesen 8 napon fordult elő dörgés, villámlás 2020 szeptemberében.